La formazione nelle scienze religiose è una tradizione consolidata della città di Pisa, a partire dall’anno accademico 1986-1987, quando fu fondato l' Istituto di Scienze Religiose delle diocesi di Pisa-Livorno-Volterra, collegato con lo Studio Teologico Interdiocesano di Pisa e Livorno. Nell’anno accademico 1990-1991 divenne l'Istituto Superiore di Scienze Religiose “Beato Niccolò Stenone”, collegato con la Pontificia Università Lateranense, allargandosi, oltre alle diocesi di Pisa, Livorno e Volterra a quelle di Grosseto, San Miniato, Massa Marittima, Sovana-Pitigliano (cui si aggiunsero negli anni anche quelle di Lucca e Massa Carrara- Pontremoli). Nell’anno accademico 2006-2007, a seguito del nuovo ordinamento voluto dalla Conferenza Episcopale Italiana, venne collegato alla Facoltà Teologica dell’Italia Centrale, allargando ulteriormente il proprio bacino alla diocesi di Pescia. Nel 2017 lo "Stenone" ha dato vita, assieme agli altri tre ISSR della regione all'Istituto Superiore di Scienze Religiose della Toscana "S. Caterina da Siena", con una presenza diffusa nel territorio regionale grazie alla sede fiorentina e ai poli di Arezzo, Pisa e Siena.

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